Можно воспользоваться все тем же mencoder, входящим в состав MPlayer (сборка для Windows). Если не дружите с командной строкой – установите MeWiG - MEncoder GUI for Windows (для работы необходим .NET Framework).
Есть еще замечательная программа – MediaCoder, в состав которой тоже входит mencoder и mplayer. К ней также можно установить Extra Codecs Pack, расширяющий функциональность дополнительным набором кодеков (в том числе и проприетарных).
Для тех пользователей Linux, которые предпочитают повозиться с Wine – MediaCoder on Linux.
